Enquanto a Terra entra em colapso devido a vírus mortais e violência sem fim, o terrorismo corre desenfreado. Como JC Denton, um agente antiterrorista novato, viaje pelo mundo construindo uma rede de aliados e crie uma identidade alternativa para ajudá-lo em sua busca pela verdade. Deus Ex: The Conspiracy combina elementos de RPG, ação, aventura e gêneros de tiro em primeira pessoa em uma história cheia de conspirações, precipícios e reviravoltas na trama. Empregue aumentos de nanotecnologia e armamento de alta tecnologia em um esforço para descobrir uma conspiração antiga que visa dominar o mundoDeus Exincorpora elementos de quatro gêneros de jogos: RPG, tiro em primeira pessoa, aventura, e "simulação imersiva", O jogador assume o papel de JC Denton, um agente da Coalizão Antiterrorista das Nações Unidas (UNATCO) que recebeu habilidades através de nanotecnologia. Essa nanotecnologia é um mecanismo central de jogabilidade, e permite ao jogador realizar feitos super-humanos. Conforme o jogador cumpre objetivos, o personagem recebe pontos de habilidade. Um jogador pode criar um personagem focado em combate ao aumentar a proficiência com pistolas ou rifles, e um personagem furtivo pode ser criado focando lock picking e habilidades de hackear computadores. Há quatro níveis diferentes de proficiência em cada habilidade, com o custo de cada nível aumentando em relação ao anterior.
